金廈小三通廈門口岸於4月底「二合一」。因位於廈門市區的東渡口岸改建，
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，金廈往來渡輪全部移往五通碼頭，
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，由於五通聯外交通較不便利，
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，航商擔心旅客流失，
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，祭出到年底單程船票優惠台幣100元的措施。
據指出，
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，金廈小三通原有「金門－東渡」及「金門－五通」兩條航線，
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，金門水頭碼頭到廈門東渡碼頭，
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，雖然航程需一個小時，
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，但東渡位於市中心區，
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，一上岸就等於到了廈門市區，且碼頭附近交通便利，旅客服務中心也寬敞舒適，經由金廈小三通的旅客有七成以上都是經由東渡碼頭往返。
五通碼頭則位於廈門島東北角，雖然到金門水頭碼頭航程不到30分鐘，但碼頭區僅一線公交車可到廈門火車站，若搭計程車計進市區單程要價人民幣50元（約台幣225元），因此全部改由五通進出廈門後，不少習慣走東渡的旅客都認為相當不方便。
交通部航港局表示，經兩岸協商，航線全數移至「金門－五通」後，將維持現有金廈小三通航線每日36個航班規模，因「金門－五通」航程僅需25至30分鐘，可增加航線穩定性及提升航程舒適度，並可縮短航班間距。
航港局官員說，為避免航線移轉初期對民眾造成影響，已要求陸方研思對策降低對民眾不便的衝擊，陸方已表示將加強五通碼頭聯外交通建設、增設公共交通工具等，並至今年12月31日實施優惠票價，針對所有旅客優惠新台幣100元（原價650元，優惠為550元）。，