二代健保才上路就遇到「陣痛期」，
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，補充保費不斷被質疑，
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，研究生扣繳下限剛上路就修改，
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，民間團體質疑弱勢低收入者繳更多，
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，就連大學也喊繳不出補充保費，
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，軍公教質疑今年入帳的去年度18%被徵補充保費，
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，民間團體批評行政成本高、擾民，
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，負責審議健保收支的健保會，委員名單至今也難產。衛生署表示，多繳保費「最敏感」，但「大方向沒有錯」，要運作一段時間再做整體性考量。
不僅補充保費有爭議，二代健保的藥品給付及支付標準，不再由健保局訂定，改由各界推派代表討論訂定。醫藥業界也擔心，會更加拖延藥品上市時間。另外，二代健保視為重大改革的「收支連動」，要結合健保監理會、費用協定委員會兩會合一，但委員名單卻遲遲未產生，更是二代健保的大難關。
二代健保補充保費上路半個月狀況連連，日前研究生透過立委陳情，要求兼職所得扣繳下限，從5000元提高到基本工資，社福團體跟大學也相繼反應，要多負擔雇主補充保費。今天還有退休軍公教透過立委表示，去年的優惠存款的18%利息所得，今年入帳也被扣補充保費。
民間監督健保聯盟召集人黃淑英表示，企業可以花錢安裝軟體處理補充保費，但經費本來就少的社福團體，成為扣費義務人後，每開出一筆超過5000元的所得，還要「手工」開單、計算雇主要繳多少補充保費，多出不少「無謂的」人事成本。
她批評二代健保製造更多的不公平，以致於大家抱怨連連，衛生署只好「吵一下就改一下」，違反健保法母法，任意解釋法令。
對於各界提出的質疑，衛生署健保小組副召集人曲同光說，目前的意見焦點集中在補充保費，因為將費基由經常性薪資，擴大到其他所得項目，有些人過去不用繳錢、現在要繳，難免會有反彈。，