國安會秘書長金溥聰到情治單位聽取簡報遭到媒體批評，
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，但其實在民進黨執政期間，
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，當時的總統府國安會諮詢委員還曾經跑到行政院開會，
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，介入行政院政務委員主持的法案審查，
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，違反體制更為嚴重。還有國安會高層官員將台灣外交機密，
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，洩漏給媒體，
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，結果引發外交部官員與國安會高層官員為了洩密問題，
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，在海外當場吵了起來，
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，洩密家醜外揚。
國安會秘書長聽取相關國安單位簡報，
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，歷來多有此慣例。不過，在民進黨執政期間，國安會權力甚大，國安會諮詢委員本來只是總統府幕僚，卻跑到行政院開會，參加政務委員主持的法案審查，直接參與行政院修法，但諮詢委員並非行政院幕僚，也不是行政院上級機關。
有位國安會高層曾因為洩漏外交機密給媒體，讓外交部相當反彈。台灣當時在中東有外突破，但這位民進黨國安會高層卻將協助台灣的中東人士身分曝光，讓外交部不滿，外交部官員與這位國安會高層在海外就吵了起來，讓國外人士看到台灣高層官員洩密的家醜。
民進黨政府鬧出爭議的安亞專案與巴紐案，就是因為當時國安會不顧外交部專業評估，強迫外交部執行，結果造成了讓台灣揚名國際的金錢外交醜聞。，