國防部副部長楊念祖接任國防部長，
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，國防人事更迭，
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，其目的是要推動軍中事務改革與精進。但外人不知的是，
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，國防部長高華柱雖然基於政治責任下台，
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，部長進退之間，
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，軍方內部仍有人要拉其他人一起下馬，
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，或是藉機拉抬某人，
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，馬英九總統身為三軍統帥，除了推動國防事務興革，還要把軍中派系風氣革除，才能有團結的部隊。
過去推動軍事現代化過程中，曾經提到部隊訓練必須是，一舉足則萬足齊發，一舉槍則萬槍同聲，行若奔濤，立如植木。這個道理到今天仍然適用，這也說明軍隊這個社會組織，與一般組織不同的特殊性質，不能用一般標準看待。否則紀律無以維繫，命令不能貫徹。
陸軍下士洪仲丘案牽涉到國防部新頒命令，基層部隊不知，或是明知故犯，造成洪枉入禁閉室，這就是命令貫徹的缺失，陸軍六軍團以下各旅，可能都有疏失。高華柱治軍號稱有2KT原子彈頭爆炸的威力，但是關於通資安全新命令，基層連隊卻不遵守，評議士官關禁閉過程，也沒有依照法定程序，這就是命令貫徹的疏失。
軍方面對洪案過程，處理不周延處甚多，尤以國防部與陸軍不能共同面對問題，反有人藉機進行人事爭鬥，欲除某人而後快，卻讓危機擴大，人民質疑升高，結果高華柱以辭職負責，這可能是當初始料未及。高出訪國外期間，部分長官每日主持輿情會報，不能妥處狀況，將疏失責任歸責陸軍，卻又箝制陸軍對外說明，最後只讓國防部平白承受壓力，因為民間不會區分你是國防部，或者是部隊。
李翔宙接任陸軍司令，沒有自己人馬，陸軍遭逢變故，內部離心離德，幕僚不思如何化解外界疑慮，卻找立法院、監察院提供資料，只為了希望透過民代壓力，讓李去職，自己支持的某上將長官可以接掌陸軍，有人甚至得意洋洋說，某某上將若能接任司令，他就是辦公室主任。
外界看似順理成章的人事更迭，幕後紛擾不堪。高華柱去職前，部內仍希望一次更動其他人馬，看在高層眼裡，恐怕是最後確定採用文人接部長的一個重要考量，軍方內部各擁其主的積習，應該早日革除，文人部長雖不一定稱職，但少有人事包袱，推動改革或可更能往前。，